構造ファンドはEUの支出の中で最大の項目であるが（公的及び私的な）計画について融資をする為のものであるが、それはEU加盟国のインフラ整備に向けられておりEU内の先進地域と貧しい地域の格差を縮めるのが目的である。

2000－2006年期の構造ファンドは７つの新しい規則により規定されているが、これらは1999年の6月と7月に承認されたものである。この期の構造ファンドは加盟5カ国の計画を支援するものであるが、特に援助が必要とされる地域に集中されている。

EU委員会の提案を受けてEU閣議は構造ファンドを優先順位の高い3つの目的に絞っているが、それは構造計画を簡素化し集中する為である。

- 新規目標１は一人当たりの所得がEU平均の75％以下の地域の発展とインフラ整備に向けられている。

- 新規目標２は社会的経済的に構造改革を必要とする地域を支援するものである。EUの人口の18％を最大でカバーすることを狙っている。

- 新規目標３は行政、教育、研修、雇用の改革と近代化を支援するものである。

2000－2006年期の構造ファンドは195百万ユーロであるが、それは上記の目標ごとの下記の様に分配されている：

- 目標１：69.7％

- 目標２：11.5％

- 目標３：12.3％

残りの6％は技術革新と技術支援並びにEUのその他の計画の融資に向けられている。

2000－2006年期は具体的に下記の金融計画が選ばれている：

- INTERREG III：欧州地域の発展と調和の取れた計画を促進するための国家、地域間の協力計画

- LEADERプラス：農村地域の発展を一環した発展計画と地域の協力グループの通じて促すことを目的としている計画

- EQUAL:労働市場に存在する差別と不平等を無くすための新規の手段を促進支援する計画

- URBAN:危機にある都市と地域での都市化計画を促進するための経済的社会的再開発を支援する計画

スペインでのプロジェクトへの資金投入は以下の制限がある：

- 目標１については構造ファンドによる融資の割合は75％を超えないと規定されているがスペインの場合は2000－2006年期の融合ファンドの受益者と言うことから限度が80％になる可能性がある。投資が私企業の場合にはその限度は総投資額の35％である。

- その他の目標では最高限度は総投資額の50％である。私企業の場合は目標２の地域では総投資額の15％である。

但し、直接的な支援とは異なる金融手段を取る場合にはその限度は10％枠を広げられる。

スペイン領域内で利用できるEUの構造ファンドは下記の通りである：